La dirigencia del Cusco FC no se rindió invirtió más, mejoró en organización y fue en busca de la Copa Perú 2011. Y la consiguió. Contrató como técnico a Freddy García. Ganó su grupo en la regional, en la etapa nacional eliminó a Unión Minas de Orcopampa, se cobró la revancha ante Sportivo Huracán, y sacó del camino a Alianza Universidad de Huánuco. En la final, venció a Pacífico FC. Así llegó Real Garcilaso a la Primera División del Futbol Peruano, siendo el único equipo cusqueño en obtener la Copa Perú.
El 2012,Cusco FC, tuvo un extraordinario debut en su primer año en la Primera División, culminó las 44 fechas con 82 puntos: 24 partidos ganados, 10 empates y 10 derrotas, quedando primero en la Liguilla “B” que le dio derecho a jugar los Play-Off, frente a Sporting Cristal , pero no pudo alzar la copa. Los cerveceros ganaron en Cusco por 1 a 0 y en Lima también fue triunfo de Cristal por el mismo resultado. Es así como Cusco FC, obtiene el subcampeonato de la Copa Movistar y la clasificación a la Copa Libertadores 2013.
El sueño no para. A inicio del 2013 consiguió lo que pocos clubes peruanos han hecho en un torneo internacional; participó por primera vez en la Copa Libertadores y llegó a cuartos de final, dejó en el camino a equipos como Deportes Tolima (Colombia), Cerro Porteño (Paraguay) y Nacional (Uruguay). A este último lo eliminó en el mismo Estadio Centenario en tanda de penales con el resultado de 4- 1 a favor de Real Garcilaso, pero en cuartos de final fue derrotado por Santa Fe de Colombia. Esto no sucedía desde 1997. Y como si fuese poco, consiguió ganar 2 partidos de visita, lo cual no ocurría hace 31 años.
Subcampeón Nacional 2013.- La participación de Cusco FC, en el Campeonato Descentralizado culminó las 44 fechas con 77 puntos: 22 partidos ganados, 12 empates y 10 derrotas, quedando primero en la Liguilla “A” que le dio el derecho a jugar nuevamente los Play-Off frente a Universitario.
No era casualidad, el 2013 Real Garcilaso, arrancó la temporada como un equipo más, pero terminó siendo la pesadilla de todos los rivales. A tal punto que volvió a llegar a la final, esta vez ante Universitario. En la ida Estadio de Espinar – Yauri ganó Real Garcilaso 3-2 y en la vuelta ganó Universitario 3-0. El tercer partido se jugó en Huancayo y ahí cayó 5-4 en la tanda de los penales.
Es así como Cusco FC obtiene nuevamente el subcampeonato de la Copa Movistar y la clasificación a la Copa Libertadores 2014.
Copa Libertadores 2014, Este año Cusco FC”, también participo en el máximo certamen continental por segunda vez de manera consecutiva y haber jugado de manera simultánea el Torneo del Inca, no tuvo mucho protagonismo.
En el Torneo Descentralizado 2015, Cusco FC, tuvo una participación aceptable en el presente torneo, logro un cupo al Torneo Internacional de la Copa Sudamericana 2016,
El 2016 participó en el Torneo Descentralizado y COPA SUDAMERICANA 2016, en la cual tuvo una destacada actuación en este certamen Internacional al enfrentar a equipos de Ecuador y Chile.
En el 2017 el club logro nuevamente el subcampeonato del Torneo Descentralizado y participar del torneo Internacional Copa Conmebol Libertadores.
Este 2018 el equipo Garcilasiano, tendrá la difícil misión de participar en dos torneos, Descentralizado y Copa Conmebol Libertadores 2018, donde tendrá que enfrentarse a rivales de categoría, como son el Santo de Brasil y el Estudiantes de la Plata de Argentina, entre otros.
Así mismo, El Club Cusco FC, viene consolidando el trabajo de FORMACION DE NUEVOS TALENTOS CUSQUEÑOS QUE TENEMOS EN NUESTRAS CANTERAS como es el caso de José Junior Velásquez (Langui – Canas), Alexander Lecaros, Miguel Aucca, Rudy Palomino Jordán (Machu Picchu), que pertenecen al equipo profesional en la presente temporada.
Resaltar el trabajo de las Divisiones Menores de muestra institución al dar oportunidad a los nuevos talentos cusqueños. Teniendo representatividad en el Torneo Promoción y Reserva del Fútbol Profesional, que otorga cupo a la Copa Libertadores de Menores, Torneo Centenario organizado por la Federación Peruana de Fútbol en categorías Sub-13, Sub-15 y Sub-17, además contamos con nuestra filial Juventud Cusco FC que participa en la Liga Distrital de Fútbol del Cusco.
Cusco FC se propone, en el presente Torneo Descentralizado, conseguir por primera vez en la historia del fútbol cusqueño el Campeonato Nacional de la temporada 2018 y llevar con mucho honor los colores del Perú a nivel internacional.
